Кукурудзяний глютен є побічним продуктом виробництва кукурудзяного крохмалю (а іноді і етанолу) в процесі мокрого подрібнення. У процесі отримують такі основні продукти: кукурудзяний крохмаль, кукурудзяний жмих, кукурудзяний глютен, патока. Після очищення та видалення стороннього матеріалу зерно кукурудзи зазвичай замочують у воді з діоксидом сірки (SO2) протягом 24-40 годин при температурі 48-52 ° C. Роль діоксиду сірки полягає в ослабленні глутелінового матриксу шляхом розриву між- та внутрішньомолекулярних дисульфідних зв’язків. Замочування при температурі 45-55 °C сприяє розвитку молочнокислих бактерій, що виробляють молочну кислоту, знижуючи pH середовища і тим самим обмежуючи ріст більшості інших організмів. В кінці фази замочування зерна кукурудзи містять близько 45% води, виділивши близько 6,0-6,5% їх сухої речовини у вигляді розчинних речовин у воді і стають досить м’якими, що їх легко розірвати пальцями. Після замочування ядра кукурудзи грубо подрібнюють, щоб мікроби відокремили від ендосперму і використали для вилучення олії, яка зв’язується між молекулами, а зв’язки всередині молекули (між атомами) дають олію із зародків кукурудзи. Волога, що залишилася, конденсується у патоку. Ендосперм проходить подальші скринінги, які відокремлюють клітковину від глютену (білкова фракція) та суспензії крохмалю. Безволокнистий ендосперм центрифугують для відокремлення фракції крохмалю та глютену, що мають різну щільність, в результаті чого утворюється майже чистий крохмаль (99% крохмалю) та кукурудзяний глютен.